Il nome "melagrana" deriva dal latino malum ("mela") e granatum ("con semi”)
Nell'iconografia, la melagrana fa le sue prime apparizioni nel IV millennio a.C. in Mesopotamia, a Uruk e a Susa. Per il colore dei numerosi semi, di un rosso traslucido brillante, il frutto ha colpito l'immaginazione umana per essere un prodigio prezioso della natura anche per il fatto che la pianta viva in ambiente semi-desertico.
Nella cultura ebraica questo frutto ha una grande valenza simbolica infatti alcuni studiosi di teologia ebraica hanno supposto che il frutto dell’albero della vita nel giardino dell’eden fosse da intendersi in realtà come una melagrana. Il libro dell’Esodo, prescrive che le immagini delle melagrane siano applicate sugli abiti rituali dei Grandi Sacerdoti. Il libro dei Re descrive le melagrane rappresentati sui capitelli che erano sul fronte del Tempio di Salomone a gerusalemme. La corona, che nella simbolistica ebraica indica la santità, sarebbe rappresentata anche dalla "corona", residuo del calice fiorale che permane nella parte apicale del frutto.
La melagrana è inoltre nella simbologia ebraica, simbolo di onestà e correttezza, dato che conterrebbe 613 semi, che come altrettante perle sono le 613 prescrizioni scritte nella Torah(365 divieti e 248 obblighi) osservando le quali si ha certezza di tenere un comportamento saggio ed equo. In realtà i semi della melagrana sono in numero variabile (di certo circa 600), ma il frutto con i suoi semi ricorda quel numero, che come tanti altri, ha riferimenti precisi nella cabala ebraica. Quella della melagrana è una delle poche immagini che appaiono nelle vecchie monete della Giudea come simbolo santo. Attualmente molti rotoli della Torah quando non sono in lettura, e quindi sono avvolti, sono protetti da gusci in argento a forma di melagrane (rimmonim) .
Nell’antica grecia questo frutto simbolico, che giunge dall'oriente, viene valorizzato come oggetto culturale e mitico da divinità quali Cibele , o la mesopotamica Ishtar.
La melagrana è uno dei simboli della Armenia rappresenta fertilità, abbondanza e matrimonio fortuna, così come in molti altri Paesi del medio oriente ma anche dell’occidente come la Spagna dove c’è la città di Granada intitolata a questo frutto.
Anche nel Corano dell’Islam il melograno è citato per crescere nel giardino del paradiso. È anche menzionato in (6:99, 6:141) dove i melograni sono descritti tra le buone cose create da Dio.
La melagrana è anche presente nella decorazione religiosa cristiana soprattutto per gli abiti e paramenti dei sacerdoti per le funzioni religiose, oltre che in scultura e architettura (per es. sui capitelli medievali). Nel Medioevo, la Vergine Maria era raffigurata con una melagrana fra le mani. Nella madonna della melagrana del Botticelli è Gesù bambino a tenere in mano una melagrana, aprendo una tradizione: in questi casi il frutto è un simbolo anticipatore della passione. Per il colore del suo succo la melagrana richiama infatti da sempre il sangue. Nell'iconografia cristiana diventerà quindi simbolo di martirio, un martirio fecondo come il frutto pieno di semi.